Ngày 30/6/2026, Bộ Tài chính ban hành Thông tư số 89/2026/TT-BTC quy định chi tiết một số điều của Luật Quản lý thuế và Nghị định số 252/2026/NĐ-CP. Thông tư gồm 10 chương, 101 điều, quy định nhiều nội dung về giao dịch điện tử, khai và nộp thuế, hoàn thuế, miễn, giảm thuế, kiểm tra thuế và kết nối, trao đổi dữ liệu. Ngày 10/8/2026, Cục Thuế ban hành Công văn số 5746/CT-CS giới thiệu những nội dung mới của Thông tư, đồng thời đề nghị các đơn vị chủ động tuyên truyền, phổ biến và chuẩn bị điều kiện cần thiết để triển khai thực hiện. Điểm nổi bật của Thông tư là tiếp tục đẩy mạnh cải cách thủ tục hành chính, tăng cường ứng dụng công nghệ và khai thác dữ liệu, qua đó giảm những yêu cầu cung cấp, kê khai lại thông tin đã có.

Một trong những nội dung đáng chú ý là bãi bỏ kỳ kê khai tháng đối với thuế thu nhập cá nhân (TNCN) từ tiền lương, tiền công. Tờ khai thuế TNCN áp dụng đối với tổ chức, cá nhân trả thu nhập từ tiền lương, tiền công theo mẫu số 05/KK-TNCN và tờ khai áp dụng đối với cá nhân khai thuế trực tiếp theo mẫu số 02/KK-TNCN đều đã bãi bỏ kỳ kê khai tháng. Quy định này góp phần giảm tần suất thực hiện thủ tục hành chính, giảm chi phí tuân thủ và khối lượng công việc kê khai thuế. Bên cạnh đó, Thông tư cũng giảm thành phần hồ sơ trong quyết toán thuế TNCN và tăng cường khai thác dữ liệu đã có. Người nộp thuế không phải nộp lại các chứng từ, tài liệu đã có trong hồ sơ thuế hoặc khai lại những thông tin mà cơ quan thuế đã có thể khai thác từ hệ thống, cơ sở dữ liệu quốc gia và dữ liệu được các bộ, ngành chia sẻ. Trường hợp hệ thống đã có đầy đủ thông tin, chứng từ làm căn cứ tính thuế, hệ thống có thể tự động tạo lập tờ khai để hỗ trợ người nộp thuế. Đây là bước tiến quan trọng trong chuyển đổi số, góp phần giảm giấy tờ, hạn chế kê khai trùng lặp và tiết kiệm thời gian.

Thông tư số 89/2026/TT-BTC cũng bổ sung quy định bảo đảm quyền lợi cho người nộp thuế trong trường hợp đã nộp đầy đủ, đúng thời hạn nhưng chưa đúng địa bàn phân bổ. Theo đó, người nộp thuế không phải nộp tiền chậm nộp đối với số thuế nộp thiếu tại địa bàn nhận phân bổ; cơ quan thuế quản lý trực tiếp sẽ hướng dẫn thực hiện tra soát hoặc hoàn kiêm bù trừ để điều chỉnh nguồn thu về đúng địa bàn. Cùng với đó, giao dịch thuế điện tử tiếp tục được đẩy mạnh thông qua việc sử dụng tài khoản định danh điện tử. Người nộp thuế thuộc đối tượng được cấp tài khoản định danh điện tử có thể sử dụng tài khoản theo quy định để giao dịch với cơ quan thuế và cập nhật, thay đổi thông tin trên Cổng Dịch vụ công quốc gia. Khi có thay đổi, người nộp thuế phải cập nhật, bổ sung thông tin đăng ký giao dịch thuế điện tử trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày phát sinh thay đổi. Các phương thức xác nhận hồ sơ điện tử cũng được bổ sung, trong đó có mã xác thực giao dịch điện tử và xác nhận bằng sinh trắc học. Đối với hồ sơ thuế điện tử, hệ thống phản hồi tự động để ghi nhận việc gửi hồ sơ; hồ sơ thông thường được thông báo tiếp nhận chậm nhất 01 ngày làm việc, trong khi một số hồ sơ hoàn thuế, miễn, giảm thuế có thời hạn thông báo là 03 ngày làm việc.

Trong lĩnh vực hoàn thuế và xử lý tiền thuế nộp thừa, Thông tư tiếp tục tăng cường tính tự động của hệ thống. Đối với người nộp thuế thực hiện nộp thuế theo mã định danh khoản phải nộp (ID), Hệ thống thông tin quản lý thuế có thể tự động bù trừ khoản phải nộp với khoản đã nộp theo quy định. Trường hợp có khoản nộp thừa không có mã định danh, người nộp thuế thực hiện lựa chọn khoản nộp thừa để hệ thống tự động bù trừ. Đối với dịch vụ giá trị gia tăng về giao dịch điện tử trong quản lý thuế (T-VAN), thời gian chấp nhận hồ sơ đề nghị kết nối được rút từ 20 ngày xuống còn 05 ngày làm việc, thời gian công bố danh sách tổ chức cung cấp dịch vụ cũng được rút từ 10 ngày xuống còn 05 ngày làm việc. Những điều chỉnh này góp phần đơn giản hóa quy trình, giảm thời gian xử lý và tạo thuận lợi hơn cho tổ chức, doanh nghiệp.

Đối với các bệnh viện, cơ sở y tế và đơn vị sự nghiệp, việc cập nhật những quy định mới của Thông tư số 89/2026/TT-BTC là cần thiết, đặc biệt đối với bộ phận tài chính – kế toán và các vị trí thực hiện công tác liên quan đến tiền lương, thu nhập và thuế TNCN. Các đơn vị cần chủ động rà soát quy trình, cập nhật quy định mới và phối hợp với bộ phận chuyên môn khi phát sinh nội dung cần hướng dẫn. Cán bộ, viên chức và người lao động cũng cần chủ động theo dõi các thông tin liên quan đến nghĩa vụ thuế của cá nhân, thực hiện đầy đủ và đúng thời hạn các thủ tục theo quy định. Việc nắm bắt kịp thời những thay đổi sẽ góp phần bảo đảm quyền lợi của người nộp thuế, hạn chế sai sót và nâng cao hiệu quả công việc.

Với định hướng giảm thủ tục, giảm giấy tờ, tăng cường sử dụng dữ liệu và đẩy mạnh giao dịch điện tử, Thông tư số 89/2026/TT-BTC tiếp tục góp phần thúc đẩy cải cách hành chính và chuyển đổi số trong lĩnh vực thuế. Việc chủ động cập nhật và thực hiện đúng các quy định mới không chỉ giúp người nộp thuế tiết kiệm thời gian, chi phí mà còn góp phần xây dựng môi trường làm việc chuyên nghiệp, minh bạch và hiệu quả. Các khoa, phòng, đơn vị trong bệnh viện cần chủ động phổ biến, cập nhật thông tin và phối hợp thực hiện, bảo đảm các nghĩa vụ về thuế được triển khai đúng quy định.