Trong và sau mưa bão, lũ lụt sẽ có rất nhiều vi sinh vật, bụi, rác, chất thải… theo dòng nước tràn ra nhiều nơi, gây ô nhiễm môi trường và tiềm ẩn nhiều nguy cơ dịch bệnh; là điều kiện thuận lợi để các loại vi khuẩn, vi rút và trung gian truyền bệnh sinh sôi phát triển và gây bệnh cho con người.

Những dịch bệnh thường hay gặp trong mùa mưa lũ là: tiêu chảy cấp, bệnh đường hô hấp, bệnh về mắt, bệnh ngoài da, sốt xuất huyết. Các cơ quan, đơn vị và người dân chủ động, tham gia thực hiện các biện pháp phòng chống bệnh, dịch trong bão lụt và mưa lũ như sau:

1. Thực hiện vệ sinh ăn uống: “Ăn chín, uống chín”, tất cả đồ ăn, thức uống cần đun sôi trước khi ăn uống; Rửa tay sạch bằng xà phòng trước khi ăn uống và sau khi vệ sinh; Nước sử dụng để ăn uống, chế biến thực phẩm phải đảm bảo vệ sinh.
2. Bảo quản tốt lương thực, thực phẩm tránh ẩm, mốc, mối mọt và ngập nước. Bảo quản tốt thực phẩm đã chế biến, phòng chống côn trùng, động vật gây bệnh và ruồi, nhặng xâm nhập. 
3. Thu gom rác thải, xác động vật chết, chôn lấp theo quy định, nạo vét, khơi thông cống rãnh bảo đảm vệ sinh môi trường. Tiêu diệt loăng quăng/bọ gậy, diệt muỗi bằng cách đậy kín các bể, thùng chứa nước, thả cá vào dụng cụ chứa nước lớn, loại bỏ các phế thải như chai, lọ, lốp ô tô… hoặc các hốc nước tự nhiên để không cho muỗi đẻ trứng.
4. Phát hiện sớm, xử lý kịp thời thực phẩm ô nhiễm, thực phẩm kém chất lượng, thực phẩm không bảo đảm an toàn thực phẩm để xử lý kịp thời. Tuyệt đối không dùng phân tươi để bón, tưới rau, củ quả.
5. Xử lý nước ăn uống, sinh hoạt trong tình huống đang ngập lụt và sau lũ lụt bằng các biện pháp lắng lọc, khử trùng bằng Chloramin T hoặc B và xử lý bằng biện pháp đun sôi trước khi uống theo hướng dẫn của y tế địa phương
6. Khi bão, lũ xảy ra, nguy cơ mất an toàn vệ sinh thực phẩm sẽ rất cao vì thế  các cơ sở sản xuất, kinh doanh thực phẩm, người tiêu dùng thực phẩm tuyệt đối không sử dụng gia súc, gia cầm, thuỷ sản chết bệnh, chết không rõ nguyên nhân để chế biến thực phẩm.
7. Để nâng cao sức đề kháng cho cơ thể, chống lại bệnh tật, người dân cần chủ động bổ sung vitamin vào khẩu phần ăn hàng ngày
8. Để bảo đảm vệ sinh môi trường, người dân vùng bão lũ cần thực hiện nguyên tắc nước rút đến đâu làm vệ sinh môi trường đến đó, tổ chức thu gom, xử lý, chôn xác động vật. Sử dụng vôi bột hoặc các hóa chất được Bộ Y tế khuyến cáo để xử lý khi chôn cất. Phun hóa chất diệt côn trùng truyền bệnh tại các vùng có nguy cơ.
9. Vệ sinh cá nhân hàng ngày, rửa tay, chân sạch và lau khô các kẽ ngón sau khi tiếp xúc với nước lũ, nước bị nhiễm bẩn.
10. Mắc màn khi đi ngủ kể cả ban ngày.
11. Kịp thời phát hiện và dập tắt bệnh dịch truyền nhiễm như tiêu chảy, đau mắt đỏ, viêm đường hô hấp,  nước ăn chân, cảm cúm, đặc biệt cần đề phòng dịch tả, lỵ, thương hàn
12. Khi có dấu hiệu nghi ngờ nhiễm bệnh, cần đến khám và điều trị tại các cơ sở y tế gần nhất.